Pierwszy Medal Tolerancji wręczono papieżowi Janowi Pawłowi II.
Fundacja im. Ludwika Zamenhofa została powołana w grudniu 1987 roku, w roku odbywającego się w Warszawie Światowego Kongresu Esperanta. Wówczas latem Białystok odwiedziła wielka grupa esperantystów, uczestników warszawskiego kongresu. Goście spotkali się z mieszkańcami Białegostoku pod pomnikiem Ludwika Zamenhofa. Powstała wtedy koncepcja budowy Światowego Centrum Esperanta. W celach Fundacji zapisano m.in.
1) budowę światowego Centrum Esperanta im. Ludwika Zamenhofa w Białymstoku – pomnika ku czci twórcy międzynarodowego języka esperanto, spełniającego funkcje ośrodka studiów i promocji języka esperanto oraz międzynarodowej wymiany naukowej i kulturalnej,
2) upowszechnianie i wspomaganie działań służących utrwaleniu pokoju w świecie i zrozumienia między narodami i ludźmi w imię ideałów, które leżały u narodzin języka międzynarodowego esperanto.
W kilka lat później z inicjatywy Ludwika Krzysztofa Zamenhof Zaleskiego, wnuka twórcy esperanta ustanowiono Medal Tolerancji. Miał on być przyznawany wybitnym osobom bądź instytucjom m.in. za zrozumienie i poszanowanie odmienności kulturowej, narodowej, seksualnej czy religijnej. W kapitule Medalu Tolerancji zasiadają przedstawiciele organizacji esperanckich, władz miejskich Białegostoku i województwa podlaskiego. Medal wykonał białostocki artysta plastyk Dymitr Grozdew. Na awersie umieścił on dwie dłonie trzymające gałązkę oraz napis: „tolerancja”. Na rewersie – podobiznę Zamenhofa i Pałac Branickich, najbardziej znany białostocki zabytek.
Pierwszy Medal Tolerancji wręczono w roku 1999 papieżowi Janowi Pawłowi II. Medal był jednym z darów, które otrzymał papież w czasie spotkania z wiernymi w Drohiczynie. Medal wręczył wnuk twórcy esperanta – Ludwik Krzysztof Zamenhof Zaleski. Prof. Władysław Bartoszewski jest drugą osobą wyróżnioną w ten sposób. Profesor Bartoszewski Medal odebrał w Białymstoku 9 czerwca 2006 r. W tym samym roku, oprócz Władysława Bartoszewskiego, wyróżniono Medalem Tolerancji także Światową Organizację Ruchu Skautowego. W 2009 roku Medal Tolerancji Fundacja Zamenhofa przyznała Jurkowi Owsiakowi. Wręczenie odbyło się podczas gali Wielkiej Orkiestry Świątecznej Pomocy w Białymstoku. W czasie inauguracji 94. Światowego Kongresu Esperanta, który odbywał się w Białymstoku w roku 2009 za działania na rzecz tolerancji, dialogu i równouprawnienia Medal Tolerancji otrzymała Fundacja Pogranicze z Sejn. 14 grudnia 2013 r. , w przeddzień obchodzonych na całym świecie urodzin Ludwika Zamenhofa Medal Tolerancji otrzymali małżonkowie Urszula i Giuseppe Grattapaglia, którzy jako wolontariusze od 40 lat prowadzą esperancki ośrodek wychowawczy Bona Espero (Dobra Nadzieja) w Brazylii. Ceremonia odbyła się w Ambasadzie Rzeczypospolitej Polskiej w Brasilii.